mongod のコマンドラインヘルプにあるとおり
--pidfilepath arg full path to pidfile (if not set, no pidfile is created)
"pidfilepath"オプションで指定する、filebaseの場合も"pidfilepath=/var/run/mongod.pid" のように書いておけばOK。
公式のドキュメントに記載がないのは何でかね?
追記:Upstartからやる場合はstart-stop-daemon のpidオプションを使うほうが賢いようだ。
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